科學家揭示人類基因調控元件的序列決定因素

DNA可以決定基因表達的位置和時間，但控制基因表達的全套序列決定因素仍不清楚。近日，芬蘭赫爾辛基大學的研究團隊在《Nature Genetics》發表了題為“Sequence determinants of human gene regulatory elements”的文章。

研究人員使用大規模平行報告試驗測量了比人類基因組大100倍空間的DNA序列轉錄活性。機器學習模型顯示，轉錄因數（TF）通常以加法方式作用，語法較弱，大多數增強子通過一種不涉及特定TF-TF相互作用的機制來增加啟動子的表達。增強子本身可分為三種類型：經典型、封閉染色質型和染色質依賴型。結果表明，很少有TF在一個細胞中具有強烈的活性，大多數活性在不同的細胞類型之間是相似的。單個TF可具有多種基因調控活性，包括染色質開放和增強，促進和決定轉錄起始點活性。

以上結果與“TF結合基序是基因表達的關鍵原子單元”的觀點一致。